重構(gòu)所需的電路配置信息在系統(tǒng)運行過程中動態(tài)產(chǎn)生。重構(gòu)時系統(tǒng)可以邊重構(gòu)邊工作。這種重構(gòu)系統(tǒng)設(shè)計復(fù)雜，但靈活性大，能充分發(fā)揮出硬件運算的效率，較適合高速數(shù)字濾波器、演化計算、定制計算等方面的應(yīng)用。從現(xiàn)有的可重構(gòu)系統(tǒng)組織結(jié)構(gòu)看，可以根據(jù)應(yīng)用類型加以區(qū)分，在中低端應(yīng)用中，主要采用通用微處理器MPU(MCU/DSP)+FPGA形式;在高端應(yīng)用中，主要采用處理器集成型，即將處理器、存儲器、I/O口、LVDS、CDR等系統(tǒng)設(shè)計需要的資源集成到一個FPGA芯片上，構(gòu)建成一個可編程的片上系統(tǒng)SoPC(SystemonProgrammableChip)。通用微處理器具有良好的接口功能，便于構(gòu)建可重構(gòu)系統(tǒng)。按照MPU與FPGA之間的相互關(guān)系以及在系統(tǒng)中所起的作用。

主要可以分為兩類：MPU控制FPGA工作的可重構(gòu)系統(tǒng)和MPU協(xié)同F(xiàn)PGA工作的可重構(gòu)系統(tǒng)。這類系統(tǒng)采用MPU作為系統(tǒng)的控制核心，在FPGA中實現(xiàn)控制器的外設(shè)電路功能。實質(zhì)上，這是傳統(tǒng)MPU控制系統(tǒng)的繼承與發(fā)展，根據(jù)系統(tǒng)需要，在FPGA中定制實現(xiàn)各分立的外部設(shè)備與接口，如SRAM、鍵盤與顯示接口以及總線的擴(kuò)展等應(yīng)用。例如在某多高速采集處理系統(tǒng)中，所需處理的數(shù)據(jù)流龐大，對它的處理是計算密集型任務(wù)。采用DSP+FPGA結(jié)構(gòu)模式，以FPGA作為DSP的協(xié)處理器，能夠以硬件的速度進(jìn)行并行計算，同時利用其在線可重構(gòu)特性，靈活地改變內(nèi)部邏輯配置來完成多種不同算法的任務(wù)。由于主要控制任務(wù)在MPU上實現(xiàn)。